Zákonem č. 304/2009 Sb. byla v rámci tam obsažené novely zákona o dani z příjmů zcela nově zakotvena možnost aplikace paušálního výdaje na dopravu silničním motorovým vozidlem. Pokud se daňový subjekt pro možnost uplatnění tohoto paušálního výdaje rozhodne, nemusí pro účely daně z příjmů vést evidenci, která by prokazovala jeho výdaje v souvislosti s provozem silničního motorového vozidla (tzv. kniha jízd). Uplatnění předmětného paušálního výdaje na dopravu je na volbě daňového subjektu. Znovu nutno upozornit, že pravidla uplatnění jmenovaného paušálu a s tím spojené důsledky platí v oblasti daně z příjmů. Jde-li o daň z přidané hodnoty, sem dotčená novela v zásadě nijak nedopadá. U plátců, kteří si u daně z příjmů zvolí možnost uplatnění paušálního výdaje na dopravu, se tedy tato skutečnost do uplatňování DPH nijak nepromítá. Pro DPH platí stejný režim a pravidla jako před novelou umožňující u daně z příjmů zvolit dotčený paušální výdaj. Nárok na odpočet DPH a podmínky pro jeho uplatnění stanoví zejména § 72 a § 73 z. č. 235/2004 Sb. v platném znění. Nadále tak platí, že plátce má právo uplatnit nárok na odpočet, pokud přijme od jiného plátce zdanitelná plnění, použije je pro svoji ekonomickou činnost a doloží je daňovým dokladem. Dodržení těchto podmínek v daňovém řízení musí prokázat. Použití paušálního výdaje na dopravu pro účely daně z příjmů neznamená automaticky, že plátce prokázal použití pro ekonomickou činnost pro účely uplatnění nároku na odpočet DPH. Zákon o dani z přidané hodnoty neurčuje a nikdy exaktně neurčoval, jaké důkazní prostředky pro prokázání správnosti daňové povinnosti má plátce daně předložit, stejně tak neobsahoval k doložení užití motorového vozidla pro ekonomickou činnost povinnost vedení právě tzv. knihy jízd. Bylo a je vždy na plátci daně, jakými důkazními prostředky užití motorového vozidla a spotřebu pohonných hmot pro ekonomickou činnost doloží.
Vzhledem k uvedenému je třeba shrnout, že pouze volba a užití paušálních výdajů na provoz silničního motorového vozidla pro účely daně z příjmů neprokazuje pro účely daně z přidané hodnoty správnost uplatněného nároku na odpočet DPH.
Vzhledem k tomu, že dle tiskové zprávy ministerstva průmyslu a obchodu se paušální výdaje na dopravu vztahují i na právnické osoby, lze vyvozovat, že podmínky jsou splněny, pokud příslušné motorové vozidlo využívá zaměstnanec pro služební účely. Jinak by nebylo možné vůbec využít paušální výdaje na dopravu pro právnické osoby. Není ale vůbec jasné, zda, popř. jak, lze aplikovat paušální výdaje na dopravu v případě, že zaměstnanec využívá vozidlo pro služební i soukromé účely. Lze také předpokládat, že zaměstnavatel bude proplácet zaměstnanci skutečné výdaje na pohonné hmoty, bude o nich účtovat v pokladně a bude požadovat po zaměstnanci knihu jízd, i když bude chtít uplatnit paušální výdaj na dopravu. Zjednodušeně lze říci, že ustanovení může při splnění podmínek bez problémů využít a nevést knihu jízd fyzická osoba neplátce daně z přidané hodnoty bez zaměstnanců. O paušálních výdajích na dopravu se neúčtuje v účetnictví, jedná se pouze o snížení základu daně v daňovém přiznání k dani z příjmů. U fyzických osob vedoucích daňovou evidenci lze provést tuto úpravu v rámci nepeněžních uzávěrkových operací nebo v daňovém přiznání.